Was die Desinfektion betrifft, ist Dein Plan richtig. Bei einem Tauchbad der Pflanzen mit Virkon S kann es passieren, dass viele eingehen. Das solltest Du mit einplanen.
Was den Boden-HMF betrifft, würde ich mir das wirklich überlegen. Ich hatte meine ersten Becken damit ausgestattet. Die liefen dann mit Lufthebern und einer extra Kreiselpumpe, die zum Kühler führte. Für die Luftheber ist zusätzlich eine Membranpumpe erforderlich. Und auch die macht Geräusche. Daneben blubbern dann auch noch die Lufheber.
Daran gewöhnt man sich natürlich mit der Zeit. Aber wenn schon alles da ist, was ein Lotl glücklich macht, würde ich jetzt nicht alles neu anschaffen. Aber das ist meine persönliche Meinung.
Dass ein Lotl den Bodengrund mit aufnimmt, ist normal. Ein gesundes Tier scheidet ihn aber auch wieder aus.
Egal wie Du Dich entscheidest, beides ist erprobt und zu empfehlen.